Program kerjasama dengan sekolah terdiri dari dua program unggulan yaitu Program Pembibitan Tim OSN Sekolah dan Program Pembinaan Intensif Tim OSN Sekolah. Perbedaan program tersebut hanya pada jumlah dan lama pelatihannya, untuk program pembibitan dilaksanakan selama 4 bulan dari mulai seleksi awal sampai pembentukan Tim OSN Sekolag menghadapi lomba tingkat Kota/ Kabupaten.

Program Intensif hanya dilakukan selama 4-5 hari atau selama 30-35 jam secara intenif bagi tim yang sudah terbentuk atau disiapkan sekolah.

Program ini bisa juga kerjasama antar ALC dan satu sekolah atau banyak sekolah, atau dengan MKKS dan juga MGMP.